Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου είναι ο πρώτος ναός που συναντά κανείς ανηφορίζοντας τον σύγχρονο πλακόστρωτο δρόμο. Μαζί με το ναό των Αγίων Θεοδώρων και τη Βασιλική αποτελούν τις τρεις ιστάμενες εκκλησίες στο κατώτερο τμήμα του οχυρωμένου τμήματος κάστρου. Στην κάτω πόλη, άλλωστε, που ήταν μεγαλύτερη σε έκταση και πολυπληθέστερη από τα ανώτερα τμήματα, σώζονται οι περισσότεροι ναοί των Σερβίων.

Ο ναός του Προδρόμου είναι ένας μικρών διαστάσεων (εσωτερικές διαστάσεις: 4,40 Χ 2,65 μ.) μονόχωρος ναός με αμφικλινή στέγη, που εκμεταλλεύεται τον φυσικό βράχο για τη θεμελίωση της νότιας πλευράς του. Στην ανατολική πλευρά του ναού –το μόνο σημείο του ναού, όπου είναι εμφανής ο κεραμοπλαστικός του διάκοσμος – προεξέχει η ημικυκλική αψίδα του ιερού Βήματος, ενώ στα δυτικά έχει τοποθετηθεί σε δεύτερο χρόνο νάρθηκας, ο οποίος στη συνέχεια μάλιστα διευρύνθηκε σε διαστάσεις. Ο ναός φέρει υπέστη μια εκτεταμένη σειρά προσθηκών και μετασκευών, κυρίως όσον αφορά τον τρόπο στέγασής του στην ανατολική πλευρά και τον νάρθηκά του, που στόχο είχαν τη διεύρυνση του ναού και τον καλύτερο φωτισμό του. Αν και φέρει πολλές νεότερες επεμβάσεις που έχουν αλλοιώσει την αρχική μορφή του, η ανέγερση του ναού θα πρέπει να τοποθετηθεί στον 14ο αιώνα με βάση τον τρόπο δόμησής του.

Το εσωτερικό του ναού ήταν πλήρως τοιχογραφημένο, η θεμελίωση, όμως, του νοτίου τοίχου του ναού επί βράχου του εδάφους, με τη μία του πλευρά του ναού να είναι ουσιαστικά ενθυλακωμένη μέσα στον λόφο, δημιούργησε σοβαρότατο πρόβλημα υγρασίας στη ζωγραφική του. Καταστρεπτική επίδραση στη ζωγραφική διακόσμηση του ναού είχε και το γεγονός ότι για μεγάλο διάστημα, έως τα μέσα περίπου του 20ού αιώνα, ο ναός είχε απωλέσει τη στέγασή του και το εσωτερικό του ήταν εκτεθειμένο στις καιρικές συνθήκες. Σήμερα, ελάχιστα ίχνη των τοιχογραφιών του ναού είναι ορατά στην κόγχη του Ιερού, ο καθηγητής όμως Ανδρέας Ξυγγόπουλος, πριν από το 1957, είχε καταφέρει να ανασυνθέσει ένα σημαντικό του μέρος του εικονογραφικού προγράμματος του ναού, το οποίο είχε εφαρμοστεί σε τρεις επάλληλες ζώνες (με στηθάρια αγίων, ευαγγελικές σκηνές και ολόσωμους αγίους). Αν και ήδη στην εποχή του Ξυγγόπουλου από την τοιχογραφική διακόσμηση του ναού «ἀμυδρότατα ἴχνη διακρίνονται», ο ίδιος τεκμηριώνει την ύπαρξη πολλών παραστάσεων στον ναό, που σήμερα είναι πλήρως καλυμμένες από νεότερα επιχρίσματα. Η διάταξη του εικονογραφικού προγράμματος, όπως περιγράφεται από τον Ξυγγόπουλο, παρουσιάζει πολλές ομοιότητες με τη βασιλικών των Σερβίων και τον γειτονικό ναΐσκο των Αγίων Θεοδώρων. Κρίνοντας από τα τεχνοτροπικά χαρακτηριστικά των σωζόμενων παραστάσεων, η ζωγραφική του ναού θα πρέπει να χρονολογηθεί στα τέλη του 14ου αιώνα.